El lago de Malniu se encuentra en la comarca de la Cerdanya. El conocido como el gran valle del Pirineo por ser de los más extensos de Europa, está formado por un hundimiento tectónico en la cordillera de los Pirineos que se encuentra dividido entre Francia y Cataluña, aproximadamente en un 50% de su totalidad. Este amplio valle se encuentra rodeado de altas montañas, la altura de las cuales oscila entre los dos mil y los casi tres mil metros. Además, se trata de uno de los pocos valles pirenaicos que transcurre de este a oeste y no de norte a sur o de sur a norte como es habitual.
El conjunto montañoso se completa a través de la Sierra del Cadí, la Sierra del Moixeró y otros macizos más orientales como la Tosa d’Alp y el Puigllançada y el macizo del Pedraforca, ya dentro del Berguedá.
En cuanto a flora destacan los contrastes entre rasgos más bien mediterráneos y los prados alpinos, pasando por bosques boreales de pino rojo y bosques de coníferas subalpinos, de pino negro y abeto. Si hablamos de fauna destacan los mamíferos terrestres como el rebeco y el corzo la pero no hay que olvidar que tiempo atrás esta era zona de lobos, linces y osos. Otros animales como el urogallo y el quebrantahuesos pueden ser vistos si se tiene suerte y por supuesto también se pueden ver un gran número de insectos y algunos pequeños anfibios.